Sejarah Terbentuknya
Didasari perjuangan Umat Hindu Bali yang menuntut Hindu sebagai agama bukan sebagai suatu aliran/kepercayaan sehingga tahun 1952, Pemerintah Daerah Bali membentuk Kantor Dinas Urusan Agama Otonomi Khusus untuk penduduk beragama Hindu di Bali.
Umat Hindu khususnya yang ada di Bali terus mengupayakan dan memperjuangkan kepada pemerintah agar Hindu diakui sebagai suatu agama dan diberikan tempat/kedudukan di lingkungan Departemen Agama Republik Indonesia. Tuntutan ini baru terlaksana pada tahun 1960 dengan dibentuknya Bagian Urusan Hindu Bali pada Departemen Agama Republik Indonesia. Penetapan ini didasarkan atas dasar Keputusan Menteri Agama RI Nomor 40 Tahun 1960 disusul dengan penyempurnaannya berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 86 Tahun 1961 dan kemudian diubah dengan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 87 Tahun 1961. Pada tahun 1963 terjadi perkembagan dengan peningkatan struktur dari Bagian Urusan Hindu Bali menjadi Biro Urusan Hindu Bali yang didasarkan atas Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 47 Tahun 1963.
Struktur Biro Urusan Hindu Bali dilengkapi dengan Bagian Umum, Bagian Pendidikan dan Bagian Penerangan. Kemudian berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 170 Tahun 1966, Biro Urusan Agama Hindu Bali ditingkatkan menjadi Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu dan Budha, dengan susunan organisasinya diatur atas dasar Keputusan Menteri Agama RI No. 56 Tahun 1967. Setelah sekian lama, akhirnya di tahun 2006 terjadi pemekaran Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu dan Buddha menjadi Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu dan Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Buddha sesuai PERPRES No. 63 Tahun 2005 tanggal 14 Oktober 2005, yang ditindaklanjuti dengan Peraturan Menteri Agama No. 3 Tahun 2006 tanggal 24 Januari 2006. yaitu pemekaran Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu dan Buddha menjadi Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu dan Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Buddha.
Sejarah Kepemimpinan (Dirjen)
1. Masa Kepemimpinan I.B.P Mastra (1966 - 1973)
2. Masa Kepemimpinan Gde Pudja, SH., MA (1973 - 1985)
3. Masa Kepemimpinan Drs. I Gusti Agung Gede Putra (1985 - 1994)
4. Masa Kepemimpinan I Ketut Pasek (1994 - 1997)
5. Masa Kepemimpinan Brigjend TNI Ir. I Wayan Gunawan (1997 - 2000)
6. Masa Kepemimpinan Drs. I Wayan Suarjaya, M.Si (2000 - 2006)
7. Masa Kepemimpinan Prof. Dr. IBG Yudha Triguna, MS (2006 - 2014)
8. Masa Kepemimpinan Prof. Drs. I Ketut Widnya, M.A., M.Phil., Ph.D (2014 - 2020)
9. Masa Kepemimpinan Dr. Tri Handoko Seto, M.Sc (2021 - 2022)
